El prof. José Luis Barrios Sotos se vinculó desde un primer momento con la incidencia de las órdenes mendicantes en la Corona de Castilla medieval, tema que fue y sigue siendo desarrollado e investigado por otros y otras colegas suyos del departamento de Historia I y Filosofía.
Posteriormente, sin abandonar este primer objetivo, que cristalizó en su caso mediante la publicación de la tesis doctoral, se ha introducido en otros aspectos de la realidad medieval. Entre ellos, la relación existente entre instituciones eclesiásticas y organización social, especialmente en el ámbito urbano y en la Baja Edad Media. Para el prof. Barrios Sotos, dicha relación se establecería, primeramente, a través de vínculos privados y familiares, como parte de una estructura que no dejaba de ser la misma que en otros sectores de la sociedad de entonces (nobleza, oligarquías urbanas, etc.). En segundo lugar, los lazos entre clero y sociedad se percibirían también a través de la influencia creciente de la jerarquía eclesiástica como poder ideológico y social, con todos los problemas que podía acarrear el intentar ejercerla en el seno del ambiente bajomedieval. Estos temas son y van a ser tratados por el prof. Barrios Sotos en su curso de doctorado, pero también se reflejan o van a reflejar en publicaciones. Por ejemplo, mediante el estudio de ciertos aspectos que afectan a la historia del linaje Ribadeneyra en Toledo, o la investigación (ahora en preparación) sobre el contexto social y mental de los capitulares (miembros del cabildo catedralicio) toledanos durante el siglo XIV.
Al margen de ello, han sido objeto de atención también otros factores, como las relaciones entre los sistemas feudal e islámico en el ámbito peninsular; la significación de las cruzadas, o la influencia en el pensamiento político castellano del siglo XV de las ideas clásicas griegas. Todo ello ha cristalizado en alguna publicación y en varias ponencias en congresos, como se verá un poco más abajo.
En lo que se refiere a los aspectos más "institucionales", el profesor Barrios Sotos ha sido colaborador honorífico del departamento de Historia I y Filosofía de la Universidad de Alcalá de Henares desde 1987; y colaborador en labores complementarias de docencia e investigación del mismo departamento, con carácter voluntario y no retribuído, durante los cursos 1991/92 y 1993/94.
Ha participado también en dos proyectos de investigación subvencionados por la D.G.I.C.Y.T., y dirigidos por el Dr. D. Santiago Aguadé Nieto, catedrático de la Universidad de Alcalá:
- Órdenes mendicantes y ciudad en la Corona de Castilla durante la Edad Media (proyecto PB95- 0335): de 11-09-1996 a 11-09-1999.
- Los frailes y la sociedad rural en la Corona de Castilla durante la Edad Media (proyecto PB 98-0699): de 30-12-1999 a 30-12-2002.
